生信挖掘数据的案例模板,看看高级分析模板该有的样子
发布于 2021-09-01 12:07
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医药加生信训练营预览
【医药加】全转录组高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营
（训练营时间：2021.9.11-12日白天，13~16号四晚）
为了保证训练营效果，我们腾讯网络会议平台授课，效果体验好！参加本次两天四晚训练营的学员，培训结束后可以获得全套视频，可通过微信群免费咨询，每周都可以免费进宋老师的腾讯会议参加宋老师的直播互动，学员可以获赠一份高价值标书参考。
培训简介
转录组数据除了mRNA之外，还有miRNA、lncRNA和circRNA等非编码RNA。它们在生物医药领域也起到了非常关键的作用。2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。初步统计，这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿；
如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，lncRNA，circRNA，miRNA等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。因此我们基于全转录组数据分析的思路，把RNA层面的mRNA、LncRNA、circRNA和miRNA等分子分别给大家做一个分析实操，以及整合这几个RNA的分析思路（具体参见课程表）。
为了适应生物医药科研工作者的学习效率，我们开展了此次训练营培训班。通过周末2天外加4个晚上的学习，我们在不影响正常工作的情况下，学习全转录组RNA分子的生信分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件（涉及了各种RNA分子相关的数据库、在线工具、免疫细胞浸润及R语言简单作图操作）。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
培训预期：
为了适应生物医药科研工作者的学习效率，我们开展了此次训练营培训班。周期是两个白天，四个晚上，这样完全不影响正常工作，我们了解全转录组RNA分子的生信分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。
讲师简介
宋伟博士， 中国精准医疗学会委员
研究成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
训练营安排
时间安排
课程表
介绍
周六
9:00~12:00
生信简介
生物信息介绍
高通量：测序及芯片介绍
非编码RNA的机制、调控模式（miRNA、lncRNA与circRNA）
经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。
非编码RNA的创新文献解读（含miRNA、lncRNA和circRNA）
免疫细胞浸润创新文献解读
TCGA数据库
NCBI GEO数据库
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)
TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）
GEO数据库介绍：数据量最大的高通量公共数据库。
GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。
周六
13:30~17:30
TCGA相关的下载工具
TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。非编码RNA数据库简介
miRNA 注释数据库（注释及序列下载）
lncRNA注释数据库（注释及名称转换）
circRNA注释数据库
单细胞测序
单细胞测序数据挖掘思路
周日
9:00~12:00
R语言基础
R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。
R语言基础：元素、向量、矩阵、数组
R语言函数：计算函数、统计函数等
R语言路径确认及修改
R语言文件（图、表）的导入和导出
R语言实战
R语言包：包的下载安装
R语言：差异分析limma包使用制作
周日
13:30~17:30
R语言实战
聚类热图制作
R语言pheatmap包做聚类热图
R语言ggplot2构建功能气泡图
基因功能分析
DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析
通路map图构建
周一
19:00~22:00
免疫细胞浸润
免疫细胞浸润分析相关数据库及工具实操
免疫细胞浸润结果图片R语言作图
免疫细胞浸润结果生信结果解读
周二
19:00~22:00
miRNA分析
差异miRNA分析
miRNA-mRNA数据库（验证和预测结果）
miRNA与靶基因结合位点（MRE）分析
VENN图分析
癌症的miRNA预后分析
lncRNA分析
miRNA-lncRNA数据库
lncRNA-target分析
lncRNA参与的ceRNA分析
共表达分析
周三
19:00~22:00
circRNA分析
circRNA-seq高通量测序解读
miRNA-circRNA数据库
circRNA参与ceRNA的分析
全转录组整合思路
ceRNA（竞争性内源RNA）的机制
ceRNA关系对分析
ceRNA网络构建
周四
19:00~22:00
网络图构建
Cytoscape软件——网络图构建、美化及分析实操
结尾
串讲
分析示例图
示例图 通路富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图 相关性散点图
示例图 免疫细胞浸润分析
示例图非编码RNA调控网络及功能富集分析（pathway）
学习费用
本期训练营学费 4200元/每位
（集中网络授课，互动性好，可开发票，可全程回放）
优惠福利政策
1. 医药加学习班新学员可以分享朋友圈优惠100。
2. 医药加学习班老学员可以分享朋友圈优惠200。
3. 三人组团每人可减免200元，四人组团每人减免300元，5人组团可额外赠送一个培训名额。
4. 参加本次训练营的学员课后可通过微信群免费咨询，每周都可以免费进宋老师的腾讯会议参加宋老师的直播互动。
注意：此次课程为线上直播教学模式，网络会议平台授课，可回放，体验与质量有保证！报名付费成功后，提前发培训需要应用到的软件与课件，并且指导安装。
国自然项目如何省时省力，高效中标？
答案： 只有多看高价值标书范文，让有实操水平的专家来培训你，让有实力的专家来给你一对一辅导与修改，比自己闭门造车效率要高多了。
如果您2021年没有中标，那应该怎么办？可以让医药加金老师团队给您找找原因。
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【医药加】课题/文章，专家精准匹配，课题辅导设计评审咨询
医药加的肿瘤专家，正在一对一辅导一份肿瘤方向的自然基金项目申请书。
| 9.4-5 | 光遗传/膜片钳/网络学习班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.11-12，13~16号四晚 | 全转录组学训练营 | 医药加腾讯会议 |
| 9.11-12 | RNA甲基化（M6A）数据分析与课题设计精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.17-19 | 多组学数据整合分析挖掘3天精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.18-19 | 2022国自然基金标书课题构思辅导班（个性化现场点评辅导） | 上海中兴和泰酒店/腾讯会议 |
| 9.18-19 | 中药网络药理学的研究策略与技能及分子对接网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.25-26 | 循证医学Meta分析及网状Meta分析精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.25-26 | 肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 9.25-26 | 高级科研作图现场精讲班， | 医药加腾讯会议 |
| 10月3号~5号，2号晚上 ，7号晚上 | 生物医学Python语言零基础学习班 | 医药加腾讯会议 |
| 10月15号~17号 | TCGA,GEO生信高通量数据挖掘两天两晚精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 10月16号~17号 | 单细胞测序数据分析与课题设计网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 10月16号~17号 | 基因编辑技术与动物模型构建网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
| 10.22-23，24~27号晚上 | 非编码RNA与外泌体研究策略与数据分析网络精讲班 | 医药加腾讯会议 |
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