研究领域不新?没有公共数据?离开题/国自然/毕业没几个月了?这个方向或可拯救你 !

影像组学第二弹

不走寻常路！来了解下这个对临床医生性价比最高的新套路！||最通俗易懂的套路拆解!

上篇推文后，收到很多私信，问纯小白如何开展影像组学研究：

上次已经讲到了影像组学如何产生、提出以及它如何在肿瘤中兴起，那如果，一位非常忙的临床医生，想做影像组学研究发表SCI，需要具备些什么？下面的简要思维导图，介绍了一些注意点和好用工具，希望希望对想切入影像组学的临床医生有帮助。

 开展影像组学研究 

第一步：要进行文献阅读，那么前几期我们已经把影像组学的开山作、影像组学在肿瘤中的应用和影像组学统一标准的文献给大家解读了，接下来大家就需要按照自己的研究目的，将疾病主题词与radiomics。就在数据库检索所需要的文献。

第二步：再来确定研究类型，是回顾性还是前瞻性。

临床随访数据以及影像学数据是否是已经有的，还是要按目的来收集。

第四步：聚齐工具箱：影像，图像分割及特征提取工具有3Dslicer，还有pyradiomics等；分析数据分析，我们一般用R和python；文章作图，可以用R、python或者是仙桃（www.xiantao.love）；

写作与投稿需要用到endnote，仙桃,也可以在挑圈联靠里面选你想要投的期刊，解螺旋有选刊工具也可供参考哦。

前期的文献学习是一个很漫长的过程，然后到影像数据的获得，勾画，提取特征，数据分析等等

只要我们做影像组学研究，那无法避免需要了解一个用来提取特征的Python开源包pyradiomics，那这次我们来瞧瞧它是啥？

（官方网址：https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/index.html）

打开它，可见首页介绍：

这是一个开源python软件包，用于从医学成像中提取Radiomics特征。借助该软件包，我们旨在建立影像分析的参考标准，并提供经过测试和维护的开源平台，以方便、可重复地提取影像组学特征。通过这样做，我们希望提高对影像组学功能的认识并扩大影响力。

该平台支持2D和3D影像图像中的特征提取，可用于计算感兴趣区域（ROI）的每个特征的单个值（“基于段”）或生成特征图（“基于体素”）。

如果使用开源Python包pyradiomics发表了文章，记得引用如下论文哦，吃水不忘挖井人，嘿嘿，代码可以拯救世界，就想SCI-hub女神让世界各国科研人享受免费开放文献，那Python开源的pyradiomics包让我们只要有电脑，够勤快的医生都能另辟蹊径发文章。

当我们点开①安装界面，我们可以看到不同安装方式和代码；

• pyradiomics安装途径
• 通过pip安装
• 在PyPi上可以通过pip安装预构建的二进制文件。对于下面提到的python版本，PyRadiomics的每个版本都会自动连接wheels库，允许您无需编译任何内容就可以安装PyRadiomics。对于其他python版本，也可以使用源代码分发版，但这需要编译C扩展。
• 确保在您的电脑上安装了python，版本为3.5、3.6或3.7(64位)。
  安装PyRadiomics:
• python -m pip install pyradiomics
• 通过anaconda安装
• 除了PyPi的预构建二进制文件，PyRadiomics也可以在anaconda云上使用。要在anaconda上安装PyRadiomics，
• 请运行:
• conda install -c radiomics pyradiomics
  
  
• 从源代码安装
• PyRadiomics也可以从源代码安装。这允许使用最先进的版本，但需要为python设置一个编译器，因为PyRadiomics附带了C扩展，用于计算纹理矩阵和一些形状特征。
• 确保你的电脑上安装了版本控制系统git。
  确保在电脑上安装了python，至少是3.5版(64位)。
• 请运行:
• git clone git://github.com/Radiomics/pyradiomics
• 对于MacOSX, linux系统:
• 请运行:
• cd pyradiomics
  python -m pip install -r requirements.txt
  python setup.py install
• 如果你在你的电脑上没有sudo/admin管理员权限，你需要在本地安装numpy, nose, tqdm, PyWavelets，SimpleITK(在requirements.txt中指定)。在bash shell中:
• pip install --user --upgrade pip
  export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH
  pip install --user -r requirements.txt
  export PYTHONPATH=$HOME/.local/lib64/python2.7/site-packages
• 对于Windows系统：
• cd pyradiomics
  python -m pip install -r requirements.txt
  python setup.py install
• 安装失败，请查看“常见问题”。如果你的错误没有列在那里，
• 使用3D Slicer Radiomics扩展（Windows、Mac、Linux三大系统都可以用，兼容性强，以后讲3Dslicer软件使用时统一讲哦,这种方法对代码小白的医生最友好，但缺点是不能批量提取）

• 使用pyradiomics Docker
• 如果您对使用开源的Python包pyradiomics感兴趣，但在系统上安装库有困难（如果以上几种方法还是无法成功安装pyradiomics包），那么这种方法可能是首选方法。
  首先，如果还没有安装Docker，您需要在系统上安装。您可以按照下面的说明来做。
  安装Docker后，你可以在shell中发出Docker pull radiomics/ pyradiomics:CLI 命令来下载pyradiomics Docker镜像。之后，您可以调用pyradiomics工具如下:
• docker run radiomics/pyradiomics:CLI --help
• Docker容器不能直接访问主机的文件系统。为了将文件作为参数传递给pyradiomics并访问转换器创建的文件，需要额外的步骤来指定将使用-v参数进行文件交换的目录:
• 设置Docker
  
  

Docker (http://docker.com)是一个在软件容器中自动部署应用程序的项目。Docker应用程序由images定义，包含初始化应用程序实例所需的所有组件和步骤。container是映像的运行实例。我们在docker/pyradiomics:CLI映像中提供了一个包含编译过的pyradiomics库的图像。通过使用pyradiomics Docker容器，您可以在任何支持Docker的操作系统上使用pyradiomics，而无需编译pyradiomics。

接下来，小伙伴需要做的就是在你的系统上安装一个Docker软件，该软件的优点也是兼容性极强，适合各种系统。

首先需要按照以下说明在系统上安装Docker。Docker可用于Mac、Windows和Linux。

在大多数情况下，Docker的安装很简单，但是需要在Windows上执行一些额外的步骤，如下所述。

注意系统要求:
1. 需要Windows 10 Pro或以上系统；

2. 需要启用Hyper-V包(Docker将提示你)

3. 需要启用虚拟化;默认可以访问你的BIOS设置；

重要提示:如下截图所示，您还需要共享用于在Docker设置中与Docker图像进行数据处理的驱动器。

你很可能会看到类似如下所示的错误信息:

C:\Program Files\Docker\Docker\Resources\bin\docker.exe: Error response from daemon:
C: drive is not shared. Please share it in Docker for Windows Settings.
See 'C:\Program Files\Docker\Docker\Resources\bin\docker.exe run --help'.

如果出现此错误，请确保HOST_DIR所在的驱动器是共享的:

1、右键单击Docker任务栏图标，

2、选择“设置”，在左侧菜单中选择“共享驱动器”(将显示可共享的驱动器列表)，

3、选择HOST_DIR要共享的驱动器，使用Apply和continue确认

好的，今天的分享就到这里喽，先系统学一遍官网介绍的安装方式和流程，再来选择自己合适的，人类不是人累，不选让人累的，只选对的。以后也会更新君君觉得好用的方法及避坑指南，今天就到这里喽，回见哦。

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撰文丨君   君

排版丨四金兄

主编丨小雪球