遗传解读丨选择先证者全外还是Trio家系全外?

发布于 2021-10-12 11:27


前言


随时间的发展,高通量测序技术逐步应用在医学领域,从基因的角度给医生提供疾病诊断的依据。临床上应用最多的当属全外显子,而全外又被细分为先证者全外和Trio家系全外,您是否曾有过疑问,家中孩子患病只要查他的发病原因就行,为何医生会建议父母同时检测全部数据;低价格能解决的为何要花近两倍的价格,两者的区别究竟在哪?今天就让小编为你解开这些疑惑。



1、全外显子项目介绍


全外显子检测项目涵盖了所有的功能基因,包括已知的致病基因和未知的基因,检测基因数量约20000个,针对的是多症状、临床方向不明、诊断困难且怀疑遗传因素的患者。项目是利用靶向捕获技术对全基因组外显子区域以及外显子上下游10bp的内含子碱基或更深层次的内含子进行捕获、测序和分析,可以一次性对人类基因组中的全部外显子进行测序分析,目的在于找出可能影响蛋白结构的变异,以期为患者确诊,指导治疗及预后。

检测流程:
优势:
(1)同时检测约20000个基因外显子区域和外显子上下游10bp的内含子区域,包含合成蛋白质所需要的重要信息,涵盖个体表型相关的大部分功能性变异,可检出外显子区的绝大部分疾病的相关变异;同时包含线粒体3000X检测;
(2)全外显子约占全基因组序列的1%,却包含了>85%疾病相关区域,相较于全基因组检测,更为经济、高效;
(3)全外显子覆盖全面,检测数据覆盖可自行保留,若干年后可随数据库的更新对新发现疾病再行分析,是辅助临床诊断疑难杂症的最佳选择;
(4)除检测微小变异,全外还包含外显子级别CNV预测,通过两款软件CODEX、XHMM预测的同时增加了康旭自有研发工具kangsoCNV来进行识别,对于找到的与患者临床症状相关变异,会通过qPCR方法进行验证,确保结果的真实性;
(5)可发现常见变异和罕见变异,并发掘新的变异位点、新基因,助力科研;

2、先证者全外VS Trio家系全外


(1)检测内容的差异

先证者全外是对先证者进行全外显子组检测及线粒体组3000X检测;Trio家系全外是对指定三人进行全外显子组检测及线粒体3000X检测,多了两位家系成员全外检测数据。

两个项目对于疑似致病位点,均可在出具报告后一个月之内对直系家属免费进行一代测序验证;出具先证者报告一份。

注:直系家属包含先证者父母、同父同母的兄弟姐妹、子女。
(2)分析选点策略的差异

每个检测者检测后得到的下机数据,经过生物信息分析注释有数万条之多,在茫茫数据中找寻可能致病的变异位点,犹如大海捞针,如何将大量无意义,疑似为良性的位点过滤掉成为一个重要的环节。首先会对数据进行注释及过滤,过滤是通过变异位置、变异类型、变异频率、变异位点在数据库中的特征等对注释结果进行过滤,保留可能的疾病有关的变异。

先证者全外仅有本人数据,会在过滤后的数据中,结合提供的临床信息来找寻可能致病的变异,对于疑似致病位点进行一代验证,同时进行家系来源分析,在拿到父母的检测结果后,才可结合家族史、父母的携带情况、遗传方式等综合判断位点的致病性。

Trio家系全外有家系成员的检测数据,每个位点的携带情况均可做到可视化,位点是新生变异还是遗传自父母一目了然;对于有家族史的家系来说,可重点分析两位患者同时携带的变异,基因定位更精准;对父母无症状的家系,那么新生变异的情况致病性比较强,结合父母数据分析,可直接识别出新生变异;对于一些AR遗传的疾病,可根据父母位点的携带情况,判断是否满足遗传方式,优先选择符合家系共分离的变异,避免走弯路。

(3)分析内容的差异
相同检测内容:
(1)基因微小变异;
(2)结合CODEX、XHMM软件及康旭自有研发工具kangsoCNV来预测可能存在的基因大片段变异;
(3)线粒体基因的检测(3000X);
Trio模式特有分析内容:
对可能存在的UPD位点进行筛选,将验证结果可能为UPD的检出会体现在报告中。
适用场景:
a.常染色体隐形遗传病:任一染色体的UPD都会增加隐性遗传病的风险,它会使父母一方为携带者时子代发病;
b.X染色体的UPD可能导致X连锁隐形遗传疾病在女性中发病;
c.如果男性的两条性染色体均遗传自父亲,除可致Y连锁遗传病外,还可能导致父传子的X连锁疾病。
(4)阳性率差异

临床外显子组测序的研究对比中发现:在814例病例中,整体分子诊断率为26%;Trio模式的分子诊断率为31%,单人分子诊断率为22%。在儿童发育迟缓的病例中,Trio模式分子诊断率为41%,单人分子诊断率为9%。从临床数据中得出结论:Trio模式比先证者模式具有更高的分子诊断率。

总结


Trio家系全外项目由于检测了家系成员的全外显子数据,在选点上较先证者全外更有优势;无论是对有家族史或无家族史的家系,选点更加精准;同时可结合疾病的遗传方式判断检出位点是否满足家系共分离,少走弯路;也有文献报道证实Trio家系全外在阳性率方面更佳。

通过小编的介绍,是否让您对于先证者全外和Trio全外有个大概的了解了呢,希望此篇文章可以给您带来帮助。


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