生物信息网站集合

美国国家生物技术信息中心(NCBI)：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)：https://www.ebi.ac.uk

UCSC Genome：http://genome.ucsc.edu

国际生物信息学动态及会议：http://www.bioinformatics.org

SeqAnswer 国际生物信息技术问答论坛：http://seqanswers.com

Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org

2.DNA和RNA数据库

GeneBank：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

EMBL：https://www.ebi.ac.uk

DDBJ：https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html

RefSeq：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

参考序列数据库收集了从病毒、细菌到真核生物等主要生物的核酸序列（DNA、RNA）及其蛋白质常产物

3.蛋白质数据库

a.蛋白质序列数据库

UniProt：https://www.uniprot.org

PIR：https://proteininformationresource.org

b.蛋白质功能域数据库

InterPro：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

ExPASy：https://prosite.expasy.org

SMART：http://smart.embl.de

iProClass：https://proteininformationresource.org/pirwww/dbinfo/iproclass.shtml

ProDom：http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/form.php

PRINTS：http://130.88.97.239/PRINTS/index.php

c.蛋白质结构数据库

RCSB PDB：http://www.rcsb.org

SCOP：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk

PDBe：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/

PDBj-BMRB：https://bmrbdep.pdbj.org

d.蛋白质组学数据库

ConsensusPathDB：http://cpdb.molgen.mpg.de

PRIDE：https://www.ebi.ac.uk/pride/archive

CORUM：https://mips.helmholtz-muenchen.de/corum/

World-2DPAGE：https://world-2dpage.expasy.org/swiss-2dpage/

4.代谢途径与细胞调控数据库

KEGG：https://www.genome.jp/kegg/

Enzyme：https://www.brenda-enzymes.org

IMP：http://imp.princeton.edu

Plantcy：https://www.plantcyc.org

MANET：https://manet.illinois.edu

BioSystems：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biosystems

Pathguide：http://www.pathguide.org

MapMan：http://mapman.gabipd.org/web/guest

Microme：https://www.microme.eu

SMPDB：https://smpdb.ca

5.非编码RNA数据库

miRBase：http://www.mirbase.org

AnnoLnc2：http://annolnc.gao-lab.org

piRNABank：http://pirnabank.ibab.ac.in

GtRNAdb：http://gtrnadb.ucsc.edu

Silva：https://www.arb-silva.de

LNCipedia：https://lncipedia.org/db

LncRNAWiki：http://lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page

NONCODE：http://www.noncode.org

LncRBase：http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/

siRNA：http://web.mit.edu/sirna/

circBase：http://www.circbase.org

6.基因功能注释数据库

GO：http://geneontology.org

KEGG：https://www.genome.jp/kegg/

DAVID：https://david.ncifcrf.gov

GOrilla：http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il

BioGPS：http://biogps.org/#goto=welcome

强大的基因和蛋白表达注释平台

7.与人相关据库

GeneCard：https://www.genecards.org/

自动整合125个数据库，包含基因组、转录组、蛋白组、遗传、临床和功能信息的庞大人基因组数据库

GENCODE：https://www.gencodegenes.org/

人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释

mBiobank：http://www.mbiobank.com/

中国代谢解析计划

Genecard：https://www.genecards.org

提供基因组，蛋白质组，转录，遗传和功能上所有已知和预测的人类基因

ConsensusPathDB：http://consensuspathdb.org

分子功能互作数据库，基于32个公共数据库，整合了人类蛋白质相互作用，遗传相互作用信号，代谢，基因调控和药物 - 靶标相互作用的信息

Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org

人体蛋白在细胞、组织、病理条件下的表达

GTEx：https://www.genome.gov/Funded-Programs-Projects/Genotype-Tissue-Expression-Project

UCSC：http://genome.ucsc.edu

2008年1月启动的项目，对来自不同种族群体的一千多名匿名参与者的基因组进行了分析，并将数据公布于众

Personal Genome Project：https://www.personalgenomes.org

来自世界各地的100,00名志愿者的人类基因组计划

OMIM：https://omim.org

一个管理人类基因和人类遗传疾病特征的数据库

TCGA：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga

Human Epigenome Project：https://www.epigenome.org

Epifactors：https://epigenie.com/epigenetic-tools-and-databases/

MethDB：http://www.methdb.de

Methycancer：http://methycancer.psych.ac.cn/

Oncomine：https://www.oncomine.org/resource/login.html

HUPO：https://hupo.org

Human protein atlas：https://www.proteinatlas.org

dbGaP：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gap/

人基因型与表型互作数据库

8.模式生物数据库

a.植物

Phytozome：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

PLANTGDB：http://www.plantgdb.org

Ensembplants：http://plants.ensembl.org/index.html

TAIR：https://www.arabidopsis.org

最全的拟南芥资源数据库

Legume Information System (LIS):https://legumeinfo.org

豆科植物的基因组数据库

BRAD：http://brassicadb.org/brad/

Sol genomics：https://www.solgenomics.net

RGAP：http://rice.plantbiology.msu.edu

RAP-DB：https://rapdb.dna.affrc.go.jp

Gramene：http://www.gramene.org

MAIZECDB：https://www.maizegdb.org

b.鼠

Rat Genome Database (RGD)：https://rgd.mcw.edu/

大鼠基因组数据库

MPD：Mouse Phenome Database：https://phenome.jax.org

Mouse genome：http://www.informatics.jax.org

Mouse Genome Database(MGD)：http://www.nervenet.org/main/dictionary.html

MGD数据库是整合了国际上实验室小鼠生物数据的资源库，提供小鼠相关的基因组、综合遗传等信息

Mouse Genetics and Genomics Software and Tools：http://mouse.cs.ucla.edu/

Mouse Genomes Project：https://www.sanger.ac.uk/science/data/mouse-genomes-project

GENCODE：https://www.gencodegenes.org/

人和小鼠基因组中的所有基因特征进行识别和分类，并释放这些注释以利于生物医学研究和基因组解释

c.动物

UCSC genome：http://genome.ucsc.edu

Ensemblmetazoa：http://metazoa.ensembl.org/index.html

FlyBase：http://flybase.org

模式生物果蝇的基因组数据库

Zebrafish genome：http://zfin.org

斑马鱼的基因组数据库

Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/

Wormbase：https://wormbase.org//#012-34-5

Nematode：http://nematode.net/NN3_frontpage.cgi

d.微生物

Xenbase：http://www.xenbase.org/entry/

模式生物非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）和非洲爪蟾（Xenopus laevis）的基因组数据库

Wormbase：https://wormbase.org/#012-34-5

关于线虫模式生物秀丽隐杆线虫的生物学和基因组在线生物数据库